L'AMP è divisa in Tre Zone
Zona A: l’intera isola di Pianosa. Qui è vietata la balneazione e la navigazione, l’accesso e la sosta di barche non autorizzate dall’Ente gestore per finalità scientifiche e per visite guidate. E’ vietata anche qualsiasi forma di pesca.
Zona B: è l’area tra il Faro di Punta Provvidenza e Punta Secca, fino all’isobata dei 70 metri di San Domino. Caprara comprende, inoltre, la zona che va da Cala Sorrentino allo scoglio cosiddetto di Caciocavallo. Qui è vietata la pesca subacquea, sportiva e professionale, e la navigazione, tranne quella autorizzata dall’Ente gestore. Le immersioni sono consentite previo permesso delle autorità.
Zona C: è l’area restante di San Domino, di Caprara e tutta l’isola di San Nicola, dove, oltre alle immersioni, è consentita la pesca sportiva. Per maggiori informazioni occorre rivolgersi alla Capitaneria di Porto.